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根据《Analytical Chemistry》发表的一项研究表明,微滴数字PCR在21个独立的国际实验室之间针对稀有的单核苷酸突变具有高度的检测重复性。本次研究是首次针对微滴数字PCR的重复性和可操作性的一次室间评估,也可以作为将来其他方法学评估的基础和框架。

 

为此,研究人员选择了KRAS点突变作为检测对象,这突变位点是最具挑战的肿瘤生物标志物之一,由于突变丰度低,用常规的qPCR与NGS的方法无法有效的检测。因其与结直肠癌与非小细胞肺癌的不良预后相关,而在液体活检的转化研究中备受关注。

 

本次的国际性微滴数字PCR的室间质评是由英国LGC公司协调(LGC:英国政府化学家实验室),盲测的所有样本、试剂以及特定耗材由该公司寄送。要求在北美和欧洲的21个实验室的研究人员在存在过量野生型DNA的情况下,使用微滴数字PCR来定量具有单核苷酸突变位点KRASG12D的拷贝数浓度和丰度(低至〜0.17%等位基因频率)。实验室使用Bio-Rad的Droplet DigitalTM PCR(ddPCRTM)技术在Bio-Rad的QX100TM 或QX200TM 微滴数字PCR系统上进行了实验。微滴数字PCR是Bio-Rad的专有方法,通过将样本随机分装至20,000个油包水液滴中,通过PCR反应后,终点检测每个微滴的荧光信号。

 

所有21个实验室的结果在严格界定的误差范围内相互一致。虽然三个实验室最初报告不同的结果,但进一步的分析显示是由阳性微滴与阴性微滴阈值划分的错误导致,而不是测量误差。当根据推荐的指导原则重新分析数据时,他们产生的结果与其他18个实验室一致,验证了微滴数字PCR结果的高度重复性与稳定性。


微滴数字PCR的可能性

 

该研究提供了一种更新、更强大的核酸分析平台,以解决目前实际检测中其他基于PCR平台所面临的重复性的困扰。

 

LGC的首席科学家Jim Huggett表示:“短期来看,我将会越来越多地将微滴数字PCR用作改善实验室协调性的参考方法”。他还表示:“随着微滴数字PCR越来越多地进入到医学研究,人们会发现他们将更容易获得可比较的结果。”

Jim Huggett,LGC首席科学家。

更多关于Bio-Rad微滴数字PCR的信息,您可访问网站:http://www.bio-rad.com/digital-pcr

PS:小编真的去数了一下作者单位的数量,吼,真的有20+。不信,你数数看

 

参考资料:

1.http://www.bio-rad.com/en-us/life-science-research/news/digital-pcr-shows-high-reproducibility-in-international-multicenter-study

2. Anal Chem. 2017 Feb 7;89(3):1724-1733. doi: 10.1021/acs.analchem.6b03980. Epub 2017 Jan 18.